Da die Bevölkerung beständig wuchs, erbaute man im 13. Jahrhundert die Burg, die im Jahre 1261 erstmals urkundlich erwähnt wurde. Die Fluchtburg war so sicher, dass sie mit den Namen „Trau es nicht“ oder „Trausnicht“ in Verbindung gebracht wurde. Das starke, nur durch die Eingangspforte zu passierende Mauerwerk mit den wenigen und kleinen Fensteröffnungen nach außen - meist noch sehr hoch über dem Boden - ließ Reitervölkern, die keine Brech- und Steigwerkzeuge mit sich führen konnten, keine Chance einer Erstürmung.

Die Burg bot ausreichend große Lagermöglichkeiten für Vorräte und Vieh sowie ein Obergeschoss für den Aufenthalt der Dorfbevölkerung. Der Turm, auch Bergfried genannt, konnte als letzte Fluchtmöglichkeit nur aus den Räumen des Obergeschosses über die damals lose auf den Steinen aufgelegte Brücke erreicht werden, die man einfach hinter sich in den Burghof warf. Im Mauerwerk des Bergfrieds eingebaute Nischen, die nur von innen erkennbar sind, dienten dem Durchbruch aus dem Turm, sobald die Gefahr wieder vorbei war.

Zwischen den Jahren 1322 - 1325 stand die Burg im Mittelpunkt deutscher Geschichte. Nach dem Tod des alten Königs Heinrich VII. wählte die Versammlung der Fürsten des Heiligen Römischen Reichs Deutscher Nationen einen neuen König. Die Wahl fiel unentschieden aus. Sowohl Ludwig IV., genannt der Bayer, als auch sein Cousin Friedrich III., der Schöne von Österreich waren gewählt.

Obwohl gemeinsam aufgewachsen, entbrannte ein erbitterter Konkurrenzkampf zwischen den beiden, der am 28. September 1322 in die berühmte Schlacht bei Ampfing in Niederbayern mündete. Ludwig der Bayer besiegte Friedrich den Schönen und nahm ihn gefangen. Er brachte ihn ins abgelegene Trausnitz, wo damals sein getreuer Ritter Weigand von Stein herrschte.

Friedrich der Schöne, ein Habsburger, wurde in das Turmzimmer gebracht wo er einer Legende nach an vier stabilen, in den Ecken der Decke eingemauerten Ketten an Händen und Füßen angeschmiedet war, so dass er gerade bis zu den vier Turmfenstern gelangen konnte. Tatsächlich wurde Friedrich in ritterlicher Haft gehalten.
 1325 gelang es den Beichtvätern der beiden Gegner, eine Versöhnung in die Wege zu leiten. Friedrich der Schöne, an Leib und Seele gebrochen, verzichtete auf das Regieren und der Wittelsbacher Ludwig der Bayer beendete die Gefangenschaft.
In der Versöhnungskapelle knieten die Vettern vor dem Altar nieder und versöhnten sich am 13. März 1325. Beide führten den Titel "König", aber Friedrich zog sich als todkranker Mann nach Österreich zurück. 1330 starb er. Ludwig der Bayer regierte bis 1346 als deutscher Kaiser.

Die Burg Trausnitz hatte bis vor ca. 200 Jahren die verschiedensten Ritter und Adeligen als Besitzer und Herren. Lange war das Adelsgeschlecht der Zenger Herr der Burg. Im Jahr 1830 kaufte König Ludwig I. die Burg, die noch heute im Eigentum des Freistaats Bayern steht.

Bereits nach dem 2. Weltkrieg wurde in der Burg ein Erholungsheim für Kinder und Jugendliche eingerichtet. In den 1960er Jahren übernahm das Deutsche Jugendwerk die Trägerschaft. 1997 erfolgte, in Zusammenarbeit mit dem Freistaat Bayern, der Gemeinde Trausnitz und des deutschen Jugendwerks eine Totalrestaurierung der Burg sowie die Erweiterung der Jugendherberge auf das umliegende Gelände und dem benachbarten Schloß Sparneck (umgangssprachlich Feldschlössel)
 
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